Mesmo que a mágica esteja envolvida, a magia deste programa vem dos deuses, não do mago. Arya não renunciou ao Deus das Muitas Faces; ela só deixou sua posição (o que quer que fosse) com a Casa de Preto e Branco. Além disso, Syrio disse a Arya, na primeira temporada, que existe apenas um deus: o deus da morte. Pode ser o mesmo deus (já que Syrio era de Braavos), caso em que a afinidade de Arya com ele (ou com ele) pode anteceder seu envolvimento com os Homens Sem Rosto.
Se a magia não for necessária para usar rostos ou prepará-los para uso posterior, então eles são habilidades como qualquer outra habilidade que ela aprendeu durante sua estada. Não há razão para que ela esqueça essas habilidades quando entregou seu cartão de membro Black and White.
A linha de Jaqen sobre os rostos serem venenos, a menos que você seja Ninguém, pode ter sido uma mentira, ou pode ter significado que ela teve que completar seu conjunto de habilidades cumprindo os requisitos para se tornar No One, o que aparentemente fez adicionando um rosto para o corredor. A linha de Jaqen "agora você é ninguém" não soava como uma pergunta para mim, mas sim uma declaração de realização, sugerindo que ela preparou o rosto corretamente. Então agora ela está totalmente qualificada para usar rostos sem medo de cegueira.
Claro, Arya não tem mais acesso ao salão real. Então, a menos que ela voltasse e pedisse a Jaqen que a emprestasse algumas, qualquer cara que a vimos usar depois desse ponto é uma que ela, uh, adquiriu e se preparou.
Atualização: A 7ª temporada forneceu evidências a favor e contra o que precede. Em s7e1, Arya se faz passar por Walder Frey, demonstrando que qualquer cirurgia, encantamento mágico ou ritual religioso está envolvido, Arya pode fazê-lo no campo; o acesso à Casa de Preto e Branco não é necessário. A menos que você queira acreditar, ela fez uma rápida viagem de volta a Bravos com um cadáver ou cabeça decepada. Em s7e6, vemos que os rostos são transportáveis, o que foi meio que implícito, mas não mostrado anteriormente, mas, em seguida, Arya descreve-os para Sansa como seus rostos de Bravos. Isso sugere que Arya realmente voltou atrás e perguntou a Jaqen por alguns. Eu mencionei essa possibilidade na minha resposta original, mas acho que é mais provável que Arya tenha sido dissimulada, dado o enredo.