Como Stark sabia disso sobre Maria Hill em Avengers: Age of Ultron

Acho que você respondeu sua própria pergunta. Está bem aqui na citação:

Ele não sabia , ele adivinhou .

Maria Hill era uma agente da SHIELD incrivelmente alta na maior parte do tempo em que Tony a conhecia. (Nos quadrinhos de origem, ela é promovida a diretora em um ponto). Ela é, essencialmente, o braço direito de Nick Fury. Ela só veio trabalhar para Stark porque Fury estava "morto" e a SHIELD foi dissolvida.

Tony não é um idiota - ele é realmente uma das pessoas mais inteligentes do planeta. Quando Fury de repente reaparece na vida de Tony, é claro que ele vai imediatamente assumir que o ex-segundo em comando de Fury sabia que ele estava vivo e manteve contato com ele.

O fato de que ele adivinhou apenas prova quão esperto ele é.

Porque ele prestou atenção nos filmes anteriores.

1. Ele provavelmente a conheceu quando foi abordado com a iniciativa Vingadores (entre Homem de Ferro 1 e Homem de Ferro 2). Quando ele a conhece mais tarde nos filmes, não há um único ponto em que ele vá "e quem é você".

2. Ele a conheceu no primeiro filme dos Vingadores, a bordo do Helicarrier, onde ele a viu comandando a ponte. Obviamente, um oficial de alta patente.

3. Ele colocou um vírus no computador de S.H.I.E.L.D. durante sua visita ao Helicarrier no primeiro filme dos Vingadores, ele bisbilhotou, pegou todas as informações que pôde.

4. Ele sabia que ela estava sendo interrogada depois de Winter Solider - estava no noticiário (os testes). Tony gosta de acompanhar as novidades (no final do filme).

5. Ela provavelmente disse a ele durante a entrevista de emprego (no final de Winter Soldier, Agents of S.H.I.E.L.D. 1ª temporada)

E ajuda que não houvesse literalmente mais ninguém que pudesse ter dito a Fury.

Como Daft disse, isso não é prova concreta. No entanto, Stark também não teve nenhum. Sua linha era em grande parte sarcástica e derivada do cenário mais provável, apontado por pontos que listei acima.

tl; dr ele adivinhou