Eu vou responder isso para os EUA, pois essa é a jurisdição que eu conheço melhor.
Não há taxas de uso de espaço aéreo ou ATC aqui nos EUA. O espaço aéreo e seus recursos são gratuitos para qualquer avião de qualquer tamanho que esteja de acordo com os FAR's da FAA e seja legal para voar um determinado espaço aéreo.
A FAA está em processo de adição de taxas de sobrevoo para aeronaves que voam pelo nosso espaço aéreo, mas nenhuma terra nem partem dos EUA.
A única taxa (algo indiretamente relacionada, mas não um componente do próprio espaço aéreo) é para aviões vindos do exterior que precisarão pagar algumas taxas alfandegárias para entrar no país .
Estritamente falando, você pode ser obrigado a levar mapas IFR ou gráficos VFR a bordo para conduzir o voo em questão no espaço aéreo dos EUA. Estes devem ser comprados de uma fonte oficial . A FAA os mantém, mas o piloto deve pagar por eles. Até recentemente, a FAA também os imprimia fisicamente e eles foram comprados diretamente deles, mas isso não é mais o caso.
Se você estender a pergunta para incluir aeroportos, a resposta mudará drasticamente para os EUA.