Concordando que havia muita ambiguidade no que foi realmente mostrado, a interpretação que eu prefiro é esta:
Tomas e seus patrões não foram capazes de terminar sua associação pacificamente porque não confiavam nele para ir embora e não lhes causar problemas no futuro. Talvez eles tenham tentado "demiti-lo" e ele não quisesse ir, e o desacordo aumentou rapidamente.
O que aconteceu, Gus não aprovou. Ele poderia até ter se livrado desses dois caras depois de descobrir, mas não podia tolerar que Jesse tentasse fazer isso sozinho. Gus tentou ensinar uma lição a Jesse:
Eu sou o chefe. Se você tiver um problema, traga para mim. Não funcionou. E Gus nunca gostou de Jesse em primeiro lugar. Ele ainda estava chateado por ter que demitir seu confiável parceiro Gale e contratar Jesse para fazer Walt feliz.
Assim, após o incidente, Gus está irritado, não tanto por causa da perda de dois funcionários de baixo escalão, mas porque Jesse - o chefe de metanfetamina que de algum modo conseguiu entrar no coração da operação - se recusa a respeitar a cadeia de comando, e Walt não reconhece que isso é um problema.