A melhor resposta que posso dar é, depende de qual universo você se refere. Classicamente, a criptonita era um elemento formado quando Krypton explodia, e essa é a única fonte do mineral. Então essa versão do mineral afetaria os criptonianos.
No entanto! Citando aqui de Wikipedia sobre Superboy Prime "Como o Krypton de sua realidade nunca explodiu, nunca existiu nenhuma Kryptonita que afeta ele ... "O que implica, portanto, que sim, a kriptonita teria afetado os criptonianos, exceto que a única maneira de ser feita de tal maneira a combinar com sua composição específica é que seu planeta tenha explodido. As pessoas em Krypton Prime conseguiram criar artificialmente kryptonita, no entanto, o que as afetou. Portanto, sim, pode haver criptonita que afeta os criptonianos mesmo sem Krypton explodindo, mas é preciso superpotências / superciência para fazê-lo.
Como um aparte, dada a quantidade de kryptonita que cai na Terra, Larry Niven uma vez calculou que o tamanho de Krypton era o da órbita da Terra em torno do Sol.