Vamos analisar isso.
Primeiro, vamos ver as regras para vantagem / desvantagem:
Sometimes a special ability or spell tells you that you have advantage or disadvantage on an ability check, a saving throw, or an attack roll.
A vantagem só se aplica à verificação de uma habilidade, teste de resistência ou jogada de ataque.
No caso do raio escaldante:
Make a ranged spell attack for each ray.
existem três jogadas de ataque separadas acontecendo (uma para cada raio). Portanto, Vantagem só se aplicaria a uma das jogadas de ataque para um dos raios, nem todos, independentemente de todos eles atingirem uma única criatura ao mesmo tempo ou criaturas separadas.
No caso de atacar uma criatura dentro da área de Faerie Fire (como você usa como exemplo), todas as três jogadas de ataque teriam vantagem apenas por causa do texto de Faerie Fire:
Any attack roll against an affected creature or object has advantage...
A duração instantânea do Scorching Ray não tem efeito sobre Vantagem / Desvantagem, já que isso se refere apenas ao período de tempo que a magia persiste (veja a página 203 do PHB).