Isso é bastante simples, OP até afirmou a resposta em sua pergunta. Quando Murphy a vê, ela é um holograma dentro da mansão, o que significa que ela usa um dispositivo holográfico para se comunicar com seus novos hóspedes. Uma vez que eles tomam a pílula, o programa holográfico é capaz de fazê-lo vê-la enquanto outros que não tomaram a pílula não serão capazes.
Se eu estiver correto, esta é a única vez que Murphy a vê.
TL; DR: Duas maneiras de ver A.L.I.E. 1- Estar perto de um dispositivo holográfico que ela controla 2- Engula a pílula
EDIT: Eu não estou 100% atualizado com a última temporada, se você quer dizer que Murphy realmente a viu sem tomar a pílula e fora da mansão, por favor me informe que eu vou retratar minha resposta.