Neo foi efetivamente o resultado de um 'Glitch', e por isso ele conseguiu coisas impossíveis enquanto estava dentro do programa. Ele foi capaz de contornar as restrições e tornar a sua segurança e proteção sem sentido (como se a ocupação Hacker não fosse uma pista suficientemente sutil).
Agente Smith foi o resultado do Matrix tentando automaticamente corrigir este Glitch através do equilíbrio; muito parecido com um sistema imunológico humano criando anti-corpos para atacar um vírus, o que, em teoria, é o que Neo se tornou.
A Matriz PRECISAVA Agente Smith para 'equilibrar a sua planilha', por assim dizer ..
Se Neo foi derrotado pelos Anti-corpos (Smith), não há mais necessidade de que esses anti-corpos existam e então o Matrix automaticamente restaurará o equilíbrio apagando Smith.
O acordo feito por Neo e The Source (uma expressão da interface da Matrix) foi de conciliação, não rendição. Ele efetivamente se sacrificaria por um acordo de cessar-fogo com Sião.
A idéia de que a Matrix é de natureza intrinsecamente autocorretiva e auto-corretiva é realmente semeada no primeiro filme, durante o discurso de Equilibirium de Smith.
Eu acho que eles chamam isso de Foreshadowing ...