tl; dr: Wade foi injetado com alguma gosma azul para ativar sua mutação, Vanessa não.

Wade não conseguiu seus poderes mutantes ativados apenas por estar no Punchbowl. Se apenas ficar estressado era o suficiente para desencadear mutações, então lotes mais pessoas os teriam. (Estar no Punchbowl é como as pessoas com DPOC se sentem muito bem o tempo todo.)

Quando ele chegou pela primeira vez, Ajax injetou-lhe um soro que foi projetado para ativar qualquer poder mutante latente. Foi somente após este soro estar ativo no corpo que eles passaram a enfatizar os sujeitos, para desencadear a mutação.

Também é possível que ela não tem nenhum gene mutante nesta continuidade. Tenho certeza que Ajax menciona que muitos sujeitos da Arma X simplesmente morrem antes de se transformarem. Nesse caso, ela poderia estar na câmara por meses sem efeito. Claro, isso seria um desvio dos quadrinhos, e significaria que eles não poderiam usá-la como Copycat em filmes futuros, então não é muito provável, mas ainda assim, é possível.

Diferenças na duração da exposição.

Como você aponta em seu próprio comentário abaixo da pergunta, Vanessa pode ter adquirido poderes através de sua exposição ao Punch Bowl e pode ser uma preparação para um papel expandido para ela na sequência. (E lá será uma sequência, se os comentários dos escritores, produtores e estúdio forem alguma indicação.)

No entanto, existem duas grandes diferenças entre a exposição de Deadpool ao Punch Bowl e ao Vanessa:

• Ela estava apenas no Punch Bowl por alguns minutos. Wade estava no Punch Bowl por um fim de semana inteiro na primeira vez, durante o qual sua mutação ocorreu. O período de tempo em que alguém está exposto ao estresse do Punch Bowl é um fator plausível no desencadeamento de uma mutação.
• Antes do Punch Bowl, Wade já havia sido exposto durante semanas a várias outras torturas destinadas a persuadir uma mutação dele. Vanessa não tinha.