Como funciona o dano AP está detalhado brevemente na página 48 do Savage Worlds Deluxe Edition , na introdução do capítulo sobre o Gear:
The weapon or round ignores this many points of Armor. […] Excess AP is simply lost.
O AP2 significa que, neste caso, a Dureza efetiva é 8. Se fosse AP4, ele ignoraria até 4 pontos de armadura, mas neste caso há apenas 2 pontos de armadura, então AP4 neste caso seria também significa que a dureza efetiva é 8.
A outra maneira que você pensou que poderia funcionar não seria modelar o piercing de armadura, mas algo mais como um "buraco oco" que causa uma quantidade especialmente alta de dano se ele passar pela armadura, mas não é não é melhor passar por armaduras do que uma bala normal.