Uma possibilidade é que Dumbledore sabia que Harry e Hermione haviam voltado já. Pelo menos no início da série, há uma sensação geral de que ele sabe praticamente tudo que acontece na escola. Ele pode até ter charmes preparados para notificá-lo quando alguém viajar no tempo dentro da escola (ou algo nesse sentido).
Embora ele não tenha conhecimento do plano, ele está ciente de que Harry e Hermione viajaram de volta no tempo, e que pelo menos Hermione nunca usaria mal o Time Turner a menos que houvesse uma boa razão. Juntando isso com o momento da execução de Buckbeak, ele pode ter deduzido qual era seu objetivo e que, provavelmente, ele estava sendo realizado sob suas ordens.Depois disso, ele simplesmente interrompe a execução, sem saber o resultado exato, mas raciocina que ajudará os dois a interromper a execução.