Eles não, mas eles realmente não precisam.
Generally speaking, most bonuses of the same type do not stack. Instead, only the highest bonus applies.
Assim, o seu bônus de Armadura Natural não acumulará com o seu Eidolon, já que ambos os bônus são do mesmo tipo, e não há exceção à regra geral encontrada para a habilidade de Eidolon Fundido.
No entanto, observe as seguintes partes
[...] The synthesist uses the eidolon’s base attack bonus, and gains the eidolon’s armor and natural armor bonuses and modifiers to ability scores. [...]
While fused, the synthesist loses the benefits of his armor.
(ênfase minha) Note que você não perde sua Armadura Natural enquanto está fundida (porque as regras não dizem isso)
Armor Bonus
The number noted here is the eidolon’s base total armor bonus. This bonus may be split between an armor bonus and a natural armor bonus, as decided by the summoner. [...]
Então, ao invés de pegar seus Eidolons Natural Armor Bonuses, ajuste-os para zero. Coloque todo o seu bônus de Armadura de Eidolons em uma armadura normal e mantenha sua própria Armadura Natural.