Boa pergunta.
Outro nome para a "posição do zênite" seria o vetor da gravidade. Que para uma aeronave é sempre para baixo (menor distância para se reunir com terra firma).
Note that it is necessary to subtract acceleration due to gravity from the vertical channel before performing the integration.—An introduction to inertial navigation
Então a resposta é sim, a aceleração devido ao vetor gravitacional é corrigida.
Verifique o PDF para uma descrição detalhada e equações.