No melhor dos dois mundos, Picard ficou inconsciente na Enterprise e foi levado para o cubo Borg, onde foi assimilado. Começando no primeiro contato, a assimilação começa quando os borgs injetam sua vítima com nanites por meio de túbulos de assimilação e, antes desse filme, nenhuma menção a essa tecnologia (os túbulos) foi feita. Os nanites começam atacando as células do sangue da vítima e "crescem" implantes, presumivelmente, usando os minerais já presentes em seu corpo
Vale a pena mencionar que um dos métodos que a tripulação da Enterprise considerou no combate aos Borg em BOBW, foi o nanites. Isso não significa que os Borg estivessem usando nanites na época, apenas um ataque de nanite poderia atrapalhar qualquer tecnologia que estivessem usando.
Alternativamente, o Borg COULD tem usado nanites na época do BOBW. Em Scorpion, enquanto se prepara para o confronto com os Borg, a EMH da Voyager mostra que ele (e possivelmente a Starfleet Medical) tem conhecimento desta tecnologia. Esse conhecimento, no entanto, poderia ter vindo de Hugh em I, Borg ou dos Borg encontrados em Descida ou do ex-Borg Voyager encontrado na Unidade, em vez de no encontro com os Borgs em BOBW.
A mudança na pigmentação da pele para Picard no BOBW sempre me impressionou quando o Borg estava mudando-o para se adequar ao seu molde. Seu tom de pele fazia parte de sua "distinção biológica" e foi alterado para se adequar ao coletivo. No episódio Voyager Survival Instinct, é revelado em um flashback que os Borgs tinham assimilação de túbulos já em 2368 (um ano depois de Best of Both Worlds).Para responder à sua pergunta, não. A evidência é que quando os borgs eram uma ameaça única da TNG, a nanotecnologia de Borg não foi mencionada ou mesmo (realmente) considerada além de um comentário passageiro feito pelo Dr. Crusher sobre a remoção dos implantes de Picard como "uma questão de microcirurgia". Parece que a First Contact e a Voyager queriam retransmitir a tecnologia para (a maioria) os encontros anteriores com o coletivo.