Não me lembro de haver uma resposta explícita no cânon. Como Foo Bar aponta, Halo gasta muito pouco tempo em questões éticas interpessoais. Podemos inferir algumas coisas, no entanto.
Status legal :
Minha memória é que a novelização original de Fall of Reach implicou no briefing de John que Cortana é propriedade do governo. Dado que os espartanos são praticamente propriedade do governo, parece muito plausível que as cópias efêmeras dos cérebros dos gênios mortos não tenham mais direitos do que quaisquer soldados humanos. Enquanto seus manipuladores, colegas de equipe e estudantes os tratam como indivíduos, não há evidências de que a UNSC ou a ONI o façam. Minha lembrança é que John foi instruído a tratar Cortana como software, cujo retorno seguro tinha uma prioridade menor que sua missão. Pelo menos, na novelização original, antes de Halo: Reach ser lançado.
Nós inferiríamos que as únicas leis que seriam quebradas se alguém matasse Cortana teriam sido a destruição da propriedade do governo.
Limitações :
Diferentes tipos de permissões foram instituídos programaticamente, é provável que o mesmo seja verdade para quaisquer limitações que a UNSC ou a ONI quisessem impor à sua IA. Uma das animações relativamente recentes fez referência às Três Leis da Robótica, mas parecia mais que a IA precisava de um código substituto para os controles do reator. (Incidentalmente, o CSNU precisa fazer reatores que são menos propensos a explodir).
No entanto, parece que eles não querem impor limitações à sua IA. Eles deram à AI muitos recursos e uma caixa de areia e os deixaram ir, da mesma forma que alguns pesquisadores são tratados. Alguma referência a isso é feita no romance original de Fall of Reach, quando Halsey invade as instalações da ONI durante o ataque do Pacto.
Status ético :
Quanto a uma discussão sobre o tratamento ético da IA, a sua melhor aposta é, na verdade, Red Vs Blue . Sendo vago para evitar spoilers, mas nas temporadas posteriores há um grande enredo sobre direitos de IA. O RvB obviamente não é Halo canon, mas está no universo Halo.