Do resumo do enredo da Wikipedia:
The duo then finds a video log from Serrano, who explains that with Codex, the Machine can either free the moon or destroy it.
Isaac provavelmente quis mantê-lo para ativar a máquina, destruir a lua e terminá-la em vez de mantê-la em estase e arriscar que ela acordasse no futuro.
No jogo, uma provável razão suplementar é a insanidade crescente de Isaac devido ao marcador (a frase " Desligue-o " que ouvimos repetidamente durante o jogo).
Isto, é claro, também está sujeito ao plano dos designers de jogos em relação ao tempo e continuação da história ( Awakened não seria possível se o irmão Moon fosse destruído). Mas isso é mais do meu raciocínio pessoal e não é realmente uma desculpa para a inconsistência no enredo.