Shaw tinha acabado de engolir uma enorme quantidade de energia e iria usá-lo assim que Charles o libertasse.
A habilidade mutante de Shaw era absorver energia e redirecioná-la, e seu objetivo era criar um mundo sem mutantes.
“We are the children of the atom. Radiation gave birth to mutants. What will kill the humans will only make us stronger.” ―Sebastian Shaw, X-Men: First Class
Ele acabara de engolir quase todo o reator nuclear do submarino. X-Men: Primeira Classe, 1:43:49 
Se Charles o deixasse ir, imagino que ele teria ficado sério e acendeu a faísca necessária para a Terceira Guerra Mundial. Enquanto Charles detesta matar, ele também sempre pensa no bem maior.
Embora eu não conheça a energia que um submarino nuclear tem ou quão grande seria uma explosão, Shaw basicamente poderia se autodestruir e levar os navios com ele. A Rússia e a América provavelmente aceitariam isso como um lançamento nuclear.
Esta cena mostra Shaw absorvendo uma granada e praticamente destruindo a pessoa para quem ele redireciona a energia, imagine o que ele poderia fazer com a energia de um reator nuclear.