Resposta curta: tecnicamente e legalmente sim, um piloto automático de código aberto pode ser certificado. Mas acho que é improvável que isso aconteça em breve.
Resposta longa: a certificação de software da aeronave é regida por DO-178C . Não há nada lá que diga alguma coisa sobre se a fonte é aberta versus fechada, ou livre versus não livre. O que estabelece é um monte de requisitos muito rigorosos para provar que o software faz o que diz que vai fazer.
Por exemplo, para algo como um piloto automático, um teste / validação independente seria normalmente necessário. Isso significa que a pessoa que escreve / codifica o software e a pessoa que testa o software tem que ser pessoas diferentes. ou seja, você deve ter um novo conjunto de olhos olhando para ele. Além disso, esse teste será muito extenso, cobrindo todos os cenários possíveis que o seu piloto automático poderia encontrar. Você pode ter que ridicularizar um avião falso inteiro, com sensores simulados e atuadores simulados, e alimentar os dados simulados do piloto automático e ver se os atuadores se movem como deveriam.
Você também precisa fornecer uma quantidade enorme de documentação muito cuidadosa sobre todas as partes do seu processo de software. Por exemplo. os requisitos de software precisam ser documentados, e então você precisa ser capaz de mostrar cada passo do caminho sobre como cada requisito específico é traduzido no código final da máquina.
Um projeto livre de código aberto certamente poderia atender a todos esses requisitos. No entanto, eles acabam sendo muito demorados e caros. Você precisa de um exército de engenheiros de software trabalhando todos os dias todos os dias durante anos para atender a alguns desses requisitos. Normalmente, o projeto FOSS não possui o nível de mão de obra necessário para atender a esses requisitos.