Eles não são a mesma coisa. Retirado da definição do universo paralelo :
A parallel universe or alternative reality is a hypothetical self-contained separate reality coexisting with one's own
E a partir da definição do universo alternativo :
An alternative universe (also known as alternate universe or alternate reality), commonly abbreviated as AU, is a type or form of in which canonical facts of setting or characterization in the universe being explored or written about are deliberately changed.
Então, olhando as definições, vemos algumas diferenças. Um universo paralelo seria um universo completamente separado, possivelmente contendo caracteres ou fatos semelhantes, mas definitivamente uma entidade separada. Um universo alternativo provavelmente ocorreria no mesmo universo , mas com fatos alterados (isto é, cenários "e se").
Usando o Star Wars como um exemplo, como é isso que eu estou mais familiarizado, E.T. seria (principalmente) um universo paralelo a Star Wars . Um universo alternativo seria algo que aparecesse sob o selo Star Wars: Infinities (histórias deliberadamente não-canônicas) ou fan fiction não aprovado pela Lucas Enterprises.