O transportador pode ser usado para curar doenças?

Sim, através da tecnologia magic de Biofiltros :

Biofilters were uniformly used on all Federation transporters by the 24th century. These filters functioned to decontaminate transported objects and prevent harmful substances, pathogens, and even certain forms of radiation (including theta radiation), from contaminating the rest of the ship. This process replaced earlier systems that required the subject to be fully rematerialized on the transport platform before applying an energy-based process to topically decontaminate the transportee. (VOY: "Macrocosm", "Night", TOS: "The Naked Time")

Though the biofilters performed a general contaminant removal with each transport, they were far from perfect; previously-unknown infections or viruses occasionally failed to register, requiring the filters to be recalibrated to recognize the new threat. As such, biofilters were incapable of filtering out certain types of substances and pathogens, most notably psychic energy.

Embora a maioria das infecções possa ser mais facilmente curada com um procedimento mais padronizado (não sei ao certo, mas tenho certeza que algum tipo de vacina espacial / antibiótico está em uso).

Existe alguma noção disso na era da TNG: os transportadores possuem biofiltros. Eles analisam o fluxo de assunto para patógenos conhecidos e filtram aqueles que podem. Presumivelmente, qualquer coisa que não possa ser filtrada é deixada para os médicos. Eu imagino que esta é uma boa explicação no universo para o fato da equipe visitante não ter que parar na enfermaria para inoculações em cada episódio.

Em Babel (DS9) , os filtros não puderam remover o vírus. Em Realm of Fear (TNG) eles tentam programar os biofiltros para remover um novo patógeno. Em Unnatural Selection (TNG) eles programam os biofiltros para reverter as mudanças no DNA de Pulaski.

Em uma escala atômica, como você reconhece o que é um vírus e o que é um glóbulo branco? Dependendo de como você faz a desmaterialização, os átomos de cada um deles podem estar espalhados pelo fluxo. Seria como tentar remover o z s de uma conexão de rede quando tudo o que você vê são os bits e você não sabe como os dados são codificados. Talvez seja possível, mas não acho que você tenha muitos voluntários.

Além disso, o que você tirar do corpo de alguém tem que ir a algum lugar; você não pode deixá-lo sentado no buffer. Não acho que a Frota Estelar esteja interessada em deixar doenças flutuando pelo espaço.