Não há realmente nada para se preocupar. Desde que seja seguro quando for para o freezer, e estiver em um recipiente de tamanho razoável, para que não demore para congelar, será seguro quando sair. Os limites de armazenamento do congelador são mais sobre qualidade do que segurança; as coisas podem secar ou pegar sabores estranhos, especialmente se não estiverem bem fechados, mas estarão seguros indefinidamente.
Suponho que você queira congelá-lo em tamanhos de serviço razoáveis, portanto, não deve ter problemas com o tamanho do contêiner.
Você pode fazer o cozimento antes de congelar, ou depois como parte do descongelamento, o que for melhor para você. Eu estou supondo que cozinhar depois pouparia um pouco de tempo, e isso também significa que vai para o freezer um pouco mais frio e congelar um pouco mais rápido. Mas cozinhar antes também é legal. Tudo o que realmente importa é que ele não gaste mais que algumas horas no total na zona de perigo (40-140F / 4-60C), e você pode conseguir isso de qualquer forma.