Que direitos humanos os clone troopers possuíam?

Não são muitos, infelizmente.

Liberdade contra a escravidão / Todos nascem livres: falsos

Os clones "nasceram" em uma vida onde deveriam servir para qualquer propósito para o qual tivessem sido contratados - neste caso, como soldados. Eles eram propriedade da República, comprados por dinheiro dos Kaminoanos. De acordo com Guerra nas Estrelas: As Guerras Clônicas: Nova Frente de Batalha , eles eram considerados a carne e o sangue / equivalente mentalmente superior dos dróides de batalha, quando se tratava do valor de suas vidas. Claro, não é assim que os Jedi que lutaram com os Clones pensaram neles, mas a opinião do Senado e do público deles era como objetos vivos.

Liberdade de pensamento: falso

ETA : Além da adulteração genética, a falta de liberdade de pensamento dos clones (especialmente em relação à Ordem 66) foi reforçada por Fichas Inibidoras . Supostamente, destinado a "apenas" modificar o pensamento e o comportamento, impedindo que os clones fossem excessivamente independentes e agressivos, o verdadeiro propósito desses chips era garantir a obediência irrestrita da Ordem 66.

Como pode ser visto nos episódios de abertura da 6ª Temporada da série de TV The Clone Wars , um chip defeituoso causou o clone ' Tup 'para executar prematuramente sua Tiplar Geral Jedi; e ele não pareceu se lembrar de suas ações depois. Isso levou o clone ' Fives ' a descobrir a existência da ordem programada, mas ele foi executado em cobranças emolduradas antes ele poderia revelar sua descoberta para qualquer outra pessoa.

Liberdade de expressão e ação: falso

Embora não possamos fazer nenhuma declaração sobre a liberdade de expressão permitida aos Clones, sabemos que pelo menos durante o curso das Guerras Clônicas, a aposentadoria não era uma opção 'oficial' permitida a eles, como mencionado em a questão ligada por Phantom42.

Então, de acordo com o cânon, eles não parecem ter muitas escolhas ou direitos.

Para expandir a boa resposta dada por @Shisa, o episódio 10 de Clone Wars 2 O Deserter mostra que os clones não podem deixar o serviço Republic, embora eles tenham a capacidade de escolher fazer isso.

Captain Rex: You're a deserter.
Cut Lawquane: Well, well... I like to think I'm merely exercising my freedom to choose: to choose not to kill for a living.
Captain Rex: That is not your choice to make. You swore an oath to the Republic. You have a duty.
Cut Lawquane: I have a duty. You're right. But to my family. Does that count, or do you still plan to turn me in?
Captain Rex: Do I have a choice?

Além disso,

their ability to choose is confirmed when Captain Rex ends up not reporting the deserter.
Suu: Captain Rex, are you going to turn in my husband?
Captain Rex: I'm sorry, Suu. It's my duty. But in my condition I probably won't remember any of this.

Não, se um soldado não quisesse servir, ele teria que continuar servindo. A única maneira que eles tinham de sair de ser um soldado era se esgueirar ou morrer.

Resposta de lendas: Os soldados clones não têm direitos , eles são escravos.

"We have laws on how we treat sentient species. We have laws on how we treat animals and semi-sentient species. We even have laws protecting plants. But we have absolutely no laws whatsoever governing the welfare of clone troops-- human beings. They have no legal staus, no rights, no freedoms and no representation. Every one of you here who accepted this army without mumur should hang your head in shame. If that's the depths we as a Republic can sink to in name of democracy, it hardly surprises me that the CIS wants to break away. The end can never justify means like this."

--Senator Den Skeenah of Chandrila, addressing the Senate eighteen months after the Battle fo Geonosis, after setting up a charitable appeal to fund the only veterans' welfare facility in the Republic

Star Wars: Republic Commando: True Colors page 134, 20 BBY

A descoberta deste exército foi muito repentina, por isso faz sentido que eles ainda não tenham, neste momento, criado leis relativas ao tratamento de clones. Isso pode ter mudado mais tarde nas guerras clônicas, mas na época do filme eles tinham zero de direitos.

Eu acho que haverá configurações de fábrica para fazer clones ao vivo apenas por 10 anos; depois disso, eles ficarão paralizados e seu corpo será reciclado para um novo "produto". Então a vida deles é limitada, como seus animais de estimação: não um ser humano, mas um animal de estimação que pode falar e trabalhar para você; não é um escravo, apenas um "animal humanóide de alta tecnologia".