Você vai deixar a alfândega e a imigração da União Européia em Amsterdã, já que é onde você entra no espaço Schengen. Isso parece difícil para mim, especialmente se você tiver que limpar novamente a segurança depois (o que é uma possibilidade).
Se a viagem for em um bilhete, a companhia aérea que lhe vender o bilhete terá a responsabilidade de acomodá-lo se você perder sua conexão, mas, pessoalmente, prefiro ter uma conexão mais longa reservada para minimizar o estresse e maximizar as chances de fazer o seu vôo.