Como Peter morreu no livro:
Em Relíquias da Morte, Harry e Rony são mantidos como prisioneiros no porão da mansão dos Malfoys.
While Harry and Ron are being kept there, Wormtail/Peter P checks on the prisoners and is attacked. Wormtail begins strangling Harry with the silver hand, but when reminded by Harry that he once saved his life, Wormtail hesitates for a moment. The silver hand turns against him and strangles him to death as punishment for his moment of pity.
(source Wiki)
Eles não mostraram isso no filme, mas sua hesitação em estrangular Harry faz sua mão de prata (a que Voldemort deu a ele) virar Pedro.
Então, basicamente Peter morre por sua própria mão.
No filme, ele simplesmente desaparece sem uma ideia clara de como Peter P morreu.