Tenho um voo + ligação no mesmo bilhete - posso reservar uma primeira parte separada da viagem e ainda utilizar o voo de ligação reservado anteriormente?

Você não pode fazer isso. Se você perder a primeira etapa do seu bilhete, a companhia aérea cancelará todo o resto de seus voos. Você apareceria em Munique e descobriria que sua reserva para Tóquio foi cancelada.

Munique é bem projetada para conexões curtas, e você não terá que passar pela imigração, então uma hora não é particularmente irracional, desde que seu voo de Dublin esteja razoavelmente no horário. Não há muito buffer para atrasos, mas é factível.

Temos outra pergunta sobre conexões curtas em Munique que você pode querer ler: Lufthansa vôo de conexão em Munique, apenas 45 minutos no meio. Conseguirei fazer isso? . Se você quiser alterar seus voos, precisará entrar em contato com a Lufthansa e pagar a taxa de alteração aplicável ao seu bilhete.

Como regra, você não pode.
A maioria ou todas as companhias aéreas têm a regra de que, se você não estiver em um trecho da viagem, cancelará todas as outras.

Sua melhor coisa será entrar em contato com a Lufthansa explicando suas preocupações e pedir-lhes conselhos. Provavelmente eles dirão a você para não se preocupar, mas também pode ser que eles ficarão felizes em mudar o seu bilhete ou até mesmo permitir que você deixe cair a primeira etapa, mas provavelmente a uma taxa extra íngreme. Os voos com ligações são frequentemente muito mais baratos do que o mesmo voo principal sem a ligação e as companhias aéreas não querem que as pessoas abandonem a ligação.

Se todas as reservas foram feitas através de um fornecedor (Lufthansa), elas são responsáveis por levá-lo do início ao fim da viagem, independentemente de qualquer tempo de conexão curto. Eles o reservarão em um voo de conexão alternativo se o primeiro vôo for atrasado. Eles têm sistemas para fazer isso. veja link

Verifique com a companhia aérea.

Eu já estive em uma situação semelhante na qual tinha reservado Munique, Montreal, Ottawa e voltado. Como eu já estava perto de Montreal, liguei para a companhia aérea (Air Canada, sendo um vôo de código compartilhado com a Lufthansa) e perguntei se poderia cancelar a parte de Ottawa-Montreal do meu voo (ou simplesmente não aparecer) sem afetando o resto do meu itinerário. Eles disseram que não havia problema, exceto que eu não conseguiria um reembolso na perna de Ottawa-Montreal (ou use essa parte do meu ingresso mais tarde).

No entanto, isso foi em 2002. Sua milhagem pode variar, e somente a companhia aérea pode dizer com certeza.

A jornada do OP é história agora e confio que a conexão foi feita. No entanto, minha política é recusar conexões estreitas - sempre exijo pelo menos duas horas entre as pernas de voo e três horas se uma das pernas for intercontinental. Com as verificações de segurança cada vez maiores entre as filas dos voos, o atraso de uma hora na segurança certamente não é inédito, e se voar para os EUA de um aeroporto que não tenha autorização de imigração no exterior, o atraso na imigração pode ser de mais de uma hora. p>     

Você está lendo mal o seu itinerário de reserva. Seu itinerário mostrará os dois voos na página, mas você receberá os cartões de embarque necessários para seus voos no aeroporto. O itinerário que você foi fornecido é apenas isso. Não é um "Ticket". Quando você chegar ao aeroporto, fará o check-in como se fosse um hotel e, em seguida, receberá cartões de embarque enquanto verifica sua bagagem. Além disso, 1 hora é mais do que suficiente, A NÃO SER que o seu voo de Dublin esteja atrasado. Eu mesmo fiz conexões em aeroportos muito maiores e mais ocupados do que Munique em cerca de 1 hora. Então não se preocupe meu amigo.