O grande erro que você está cometendo, eu acho, é que você está perdendo todo o sentido do discurso de Rocket durante o funeral. Quando ele diz:
"They came back, even though he was mean, and yelled at them, and stole batteries he didn't need."
Rocket não está mais falando sobre o Yondu. Ele está falando sobre o próprio . Durante a viagem juntos, ambos como cativos dos Ravagers e depois voando para Ego, Yondu tenta explicar para Rocket como os dois são semelhantes, e como o comportamento de Rocket é uma maneira de se proteger de se aproximar de pessoas que poderiam deixá-lo . Yondu tenta convencer Rocket de que há pessoas com quem ele pode contar, mesmo que não pareçam.
No final, os Ravagers - que haviam exilado Yondu por se comportarem mal - ainda o perdoaram e voltaram a realizar os direitos fúnebres. Rocket está aplicando a mesma idéia para si mesmo - mesmo que ele tenha feito coisas para colocar os Guardiões em apuros, como roubar baterias, ele agora percebe que vai ficar com ele.
A resposta de Peter mostra essa ideia:
Of course they did.
Rocket também percebe que Yondu realmente era um amigo, no final. E ele está triste porque Yondu se foi, mas também feliz e aliviado que os Ravagers voltaram para prestar seus respeitos, pois isso lhe dá esperança para o seu próprio futuro. É por isso que ele estava chorando.
A coisa com a flecha é muito mais fácil de explicar. A barbatana da cabeça de Yondu é o que lhe permite fazer os barulhos apropriados para controlar a flecha, e Kraglin tem os dois. Foguete, sendo um mecânico altamente habilidoso, foi capaz de consertar a flecha uma vez que ele tinha todas as partes, e Kraglin é capaz de usar a flecha pela mesma razão que Yondu fez, embora ele claramente não seja muito bom nisso.