Apenas para colocar como resposta o que tem sido bem coberto nos comentários ...
Todos os pilotos, assentos saltados ou não, ainda estarão liberados na alfândega. Eles podem ter uma linha separada, mas ainda haverá o registro normal de sua entrada.
Além disso, a companhia aérea sabe absolutamente quem eles deixam no banco de reservas para cada voo - então "nenhum registro" realmente acontecerá de qualquer maneira.