Coloque o pesto em apenas quando o molho estiver pronto e enquanto estiver tirando o calor. Geralmente, o pesto não se beneficia da cocção. Ao adicioná-lo ao molho, assim como ele está sendo retirado do fogo, a temperatura vai igualar com o molho, sem ser cozido.
Você planeja servir isso com macarrão? Em caso afirmativo, escorra a massa (salve um pouco da água da massa) enquanto a massa ainda é bastante al dente. Cozinhe e mexa o macarrão no molho por um minuto ou mais. Se precisar de um pouco de desbaste, adicione água de massa reservada. Apenas quando se sentir pronto para servir, adicione o pesto, novamente apenas enquanto remove tudo do fogo.
Se você está pensando em cozinhar o macarrão por um tempo em o molho, como na sopa, eu encorajo você a reconsiderar. Eu recomendo que você faça o molho incrível. Quando o molho parece certo, ferva o macarrão até al-dente (não esqueça de sal). Adicione o macarrão ao molho, lentamente, não muito, nem muito pouco. Use a água da massa reservada para obter apenas a consistência certa. Deixe tudo ferver por um minuto ou dois, deixe o macarrão absorver o sabor. ENTÃO, quando tudo parece ótimo, adicione o pesto, mexa, desligue o fogo e sirva.