Por que o shell original do Major Motoko Kusanagi não foi consertado?

Ghost In The Shell 1995 spoilers à frente

Em uma das cenas finais de " Ghost In The Shell " (1995) o escudo do Major Motoko Kusanagi é destruído por atiradores da seção 6.

Logo antes que isso aconteça, Batou sacrifica seu braço para proteger a cabeça do Major. Quando The Major acorda, ela está em uma concha diferente, uma de uma criança. (uma concha do mercado negro)

Batou menciona que a Seção 9 apareceu e limpou tudo. Incluindo os 2 corpos cibernéticos e seu braço.

Por que a seção 9 não reparou a concha do Major se eles repararam o braço de Batou?

Não sei o que a seção 9 backup fez quando eles chegaram e encontrei a cabeça do Major. Por que eles estão em uma casa segura em vez de na sede da seção 9? Do jeito que eu vejo, há algumas explicações, embora eu ache que essas não são as melhores, já que cada uma delas deixa uma ou duas coisas:

• O major ainda é um ativo descartável e pode comprar outro cyborg de uma empresa. Ou reconstrua o major de volta na seção 9.
• O Major foi realmente consertado e está na seção 9. O Major que vemos no final do filme é considerado separado devido à fusão do Puppet Master. Batou salvou esta versão bifurcada do major e escondeu-a. Existem agora 2 versões do The Major.

Há alguma coisa que eu perdi no filme para explicar este ponto?

Comecei a assistir a todos os filmes "Ghost In The Shell" Series. Eu apreciaria se a conversa fosse limitada ao filme original de 1995 para evitar spoilers