A menos que você seja um cidadão de um dos países (nesse caso, você geralmente, mas nem sempre, é obrigado a usar o passaporte desse país para entrar / sair desse país), não há problemas em usar um passaporte diferente.
A Alemanha não grava entradas e saídas, por isso não faz ideia do passaporte em que você entrou anteriormente.
Então, sim, você pode usar seu passaporte alemão no Reino Unido sem problemas. Na verdade, você nem precisará ver um oficial, pois pode usar o reconhecimento automático de rosto como cidadão alemão.
Por último, como apontado por Calchas, um alemão não pode ser impedido de entrar no Reino Unido, a não ser por razões de segurança. Eles não exigem permissão para entrar, ou mesmo morar, no Reino Unido.