Não há nada de errado em entrar na Jordânia com um passaporte israelense. Eu sei (segunda / terceira mão) pessoas que fizeram isso.
Israel e a Jordânia têm atualmente laços diplomáticos completos.
Provavelmente, se você tentar esconder as coisas, elas ficarão mais desconfiadas. Vários anos atrás, viajamos pelos EUA-Inglaterra-Turquia em passaportes americanos, e da Turquia a Israel (também no passaporte americano), com a intenção de usar o passaporte israelense apenas para entrar / sair de Israel. Na Turquia, no entanto, pediram para ver nossos passaportes israelenses. Então você vê, melhor ser totalmente honesto e usar o mesmo passaporte em ambos os lugares (a menos que você tenha uma boa razão para não fazer isso, por exemplo, ao entrar / sair do país do passaporte).