Essa pergunta faz muito sentido e eu acho que qualquer resposta viável será um trecho na melhor das hipóteses (a verdadeira resposta é, claro, a narrativa mais interessante / suspensiva).
Primeiro, os eventos após a invasão - como descrito por Malcolm - nos dizem que Jack # 49 é de alguma forma especial. Ele tinha dúvidas, curiosidade (aquele livro que ele pegou), ele tinha amor pela Terra (aquela cabana escondida dele), ... Podemos supor, desde que Malcolm teve que esperar por ele por tanto tempo, que Jack # 49 é de alguma forma especial ... "defeituoso", de certa forma.
Claro, é inacreditável que - depois que milhares de clones invadiram a Terra - dois desses clones surgiram (lembre-se, levou # 52 apenas três anos para se tornar o que # 49 era), mas nós poderíamos atribuir isso ao a necessidade do filme por um final feliz que poderia facilmente ser tratado como uma cena separada (talvez excluída). O problema real aqui é que Malcolm baseou todo o seu plano para lutar contra uma premissa muito esticada de que um clone tão defeituoso apareceria. A missão do Tet estava quase terminada, então ele teria literalmente esperado até a aniquilação final da Terra, se Jack # 49 não estivesse "defeituoso". Em segundo lugar, pode-se argumentar que a aniquilação cega de proporções em massa precisou de "máquinas" sem sentido, enquanto os estágios finais da invasão (onde # 49 e # 52 participaram) precisavam de algum nível de humanidade, talvez algum amor pela Terra. (para combater o "inimigo" que nós, mais tarde, aprendemos a ser os remanescentes da raça humana), e talvez alguma curiosidade e raciocínio para sermos capazes de lidar com situações imprevisíveis e as mais resistentes da resistência. Isso justificaria que o exército de clones fosse uma máquina de matar sem sentido, e os últimos técnicos seriam muito mais humanos.Um trecho aqui é, IMO, que o exército de clones foi necessário em primeiro lugar. Por que não apenas drones (que se mostraram bastante úteis até mesmo contra a guerrilha humana; imagine o que eles fariam enquanto a Terra ainda era mais densamente povoada), ou alguma outra tecnologia - talvez mais avançada? Nós estamos falando sobre uma entidade capaz de viajar grandes distâncias no espaço, clonando formas de vida completamente alheias a ela, interceptar sua tecnologia e comunicação para imitá-la mais tarde, etc.
Outro problema seria o raciocínio por trás da necessidade de os técnicos serem muito eles mesmos, manipulados através da falsa Sally e das falsas memórias do passado. Eu não vejo nenhum propósito real para um astronauta ser adequado para uma missão em uma Terra arrasada melhor do que um clone completamente reprogramado por Tet ou algum tipo de máquina.
Eu não tenho explicações melhores, e estas parecem fracas pelas razões que eu dei, então estou certo de que a narrativa do filme teve uma prioridade mais alta aqui do que a necessidade da trama fazer sentido.Editar:
Há um detalhe que eu perdi (do qual a resposta do HBhatia me lembrou), que faz # 49 e # 52 menos defeituoso (mas ainda não explica o mau planejamento do lado do Tet).
Parece que nossos técnicos, Jack (s) e Vika (s), foram criados muito bem, mas para operar em total isolamento. Enquanto o 49 era curioso e amante da terra, ele ainda precisava do impulso externo, que era a chegada de Julia (e ele testemunhando o massacre que os drones faziam ao redor dos destroços). Para o 52º, a invasão externa veio do # 49 e seu breve encontro, assim como o Tet sendo destruído.
Este, IMO, explica melhor porque # 49 foi especial, embora ele fosse diferente - como Malcolm disse - e Julia vindo a ele (em oposição a alguma outra tecnologia) é um típico golpe de sorte do filme (ou o que quer que seja chamado).
No entanto, por que enviar para um ambiente extremamente hostil algo que não depende de intrusões inesperadas ... bem, o Tet teve que dar à humanidade alguma chance. ; -)