Isso realmente depende do que você considera "destruído". Infelizmente, este termo é realmente mal definido no pathfinder. (Na verdade, não está definido de todo.)
Os estados do tipo Undead :
Not at risk of death from massive damage, but is immediately destroyed when reduced to 0 hit points.
Isso só especifica que um morto-vivo é "destruído" quando atinge 0 pontos de vida. Não especifica o que acontece quando uma criatura morta-viva deixa de ser animada de repente.
Além disso, a limitação de não poder reanimar um cadáver depois de parecer que ele só se aplica a animais mortos e não a Criar Mortos-vivos . Assim, mesmo que o seu Mestre decida que a Tripulação de Esqueleto impede que a magia Animate Morto anime as criaturas, um conjurador poderia simplesmente conjurar uma mágica diferente.
Você poderia, no entanto, lançar Skeleton Crew nos corspes e, em seguida, fireball os esqueletos (Os esqueletos tem 6 hp, deve ser um trabalho fácil). Isso "destruiria" os esqueletos de acordo com o tipo de Undead citado e, assim, impediria que o Animate Dead afetasse os cadáveres.