como é dito no comentário, não há resposta curta para este.
Se nos concentrarmos apenas na aerodinâmica, existem algumas diferenças importantes entre a abordagem utilizada em aeronaves comerciais e militares ao projetar uma aeronave. Eu acredito que o mais relevante é o seguinte.
Em primeiro lugar, os aviões comerciais são projetados para uma condição ideal de cruzeiro, a fim de reduzir o consumo de combustível. Esta é a função do Mach, o desempenho do motor e a aerodinâmica do avião. Por outro lado, para um lutador como o que você mencionou, um bom desempenho tem que ser alcançado para um envelope inteiro, incluindo regimes subsônicos-supersônicos e diferentes altitudes. Isso determinará características como a forma da asa e da fuselagem em si, os motores (muito importante para levar em conta também a aerodinâmica) ...
Em segundo lugar, em termos de estabilidade, você encontrará abordagens opostas. É muito importante entender que sempre é preciso sacrificar a estabilidade para alcançar alguns níveis de manobrabilidade. Um avião comercial visa alcançar altos níveis de estabilidade longitudinal e lateral; enquanto um lutador precisa ser capaz de realizar manobras mais exigentes e é inerentemente instável. É claro que isso será uma parte importante ao projetar um caça e definir o centro de pressão aerodinâmico (tamanho das superfícies de levantamento, fuselagem, uso de configurações como um canard…).
Mais uma vez, esses são alguns fatores que são levados em consideração, mas espero que isso ajude a entender algumas das diferenças do ponto de vista da aerodinâmica.