Eu acho que é simplesmente o fato de que a KSI apenas vê os restos como materiais, que eles estão remodelando para seus próprios fins.
Eles usaram os outros transformadores, incluindo Sentinel Prime, Ratchet, etc. para construir os vários drones, como o Stinger. Todos esses zangões mantiveram a forma que receberam. A mente de Megatron, ao contrário dos outros, ainda estava ativa. É essa mente ainda ativa que está remodelando o corpo do que eles querem para um mais como o Megatron.
O único que sabia que o cérebro de Megatron ainda estava ativo era Brains, que, provavelmente devido a sua raiva de ser preso, não estava disposto a compartilhar com o KSI.