Sim, a VFS Global processa o visto para a Croácia na Rússia. A única coisa é que você não pode ficar lá por mais de 90 dias. O site afirma claramente:
Visa Fees waived categories
Members of the immediate family of a Croatian, EU and EEA citizens (spouse and children)
Se você pretende ir à Croácia para uma visita por um período não superior a 90 dias e seu país não está na lista de isenção de visto, você precisa de outro visto (visto C).