Teste. Calibrar. Repetir.
Existe um novo método desenvolvido pela NASA com base no rastreamento por GPS. E aqui está a mesma coisa, mas como um vídeo (também NASA).
New Method for Pitot-Static Calibration
A precise, time- and cost-effective method based on global positioning system technology using output error optimization (...) enables near real-time monitoring of error in airspeed measurements, which can be used to alert pilots when airspeed instruments are inaccurate or failing.
Webpage também menciona os métodos atuais que incluem o cone de trailing (aquele que você vê em aviões modernos enquanto eles estão sendo testado), fly-by da torre e aviões de marcapasso.
Trailing cones were first developed and tested in the 1950s and 1960s as a simple means of calibrating the static pressure error of an aircraft's pitot-static system.
Assim, além de ser demorado, deve ser relativamente fácil. Se ele disser que estou fazendo 100 KIAS, mas sei que estou apenas fazendo 96, calibre o 100 para 96. Provavelmente precisa de uma chave de fenda e de um mecânico certificado. Mas factível. O mesmo para o altímetro e assim por diante. O altímetro seria fácil de calibrar no solo. Coloque o QNH atual, verifique a leitura em relação ao real (de um diagrama de aeroporto) e tire sua chave de fenda (não literalmente).
O sistema pitot-static não conhece a pressão correta, só precisa de calibração. O que também responde por que a atmosfera da cabine não será tão precisa, não foi calibrada para isso.