Sim.
Quando a magia declara que o alvo recebe dano de espancamento igual a 1d6 + seu modificador de habilidade de conjuração ao invés de a pedra causar dano extra igual a 1d6 + seu modificador de habilidade de conjuração você pode assumir que o próprio feitiço está causando o dano extra e não a pedra.
Observe também que você está usando a pedra como um ataque de feitiços jogando-a ou arremessando-a com uma funda , então mesmo com uma funda, ainda é uma ataque mágico.
Isso é importante porque a maioria das imunidades não-mágicas de monstros são redigidas como os dois exemplos a seguir:
bludgeoning, piercing, and slashing from nonmagical weapons that
aren't silvered (Ice Devil, pg. 75 MM)
ou
bludgeoning, piercing, and slashing from nonmagical weapons that
aren't adamantine (Iron Golem, pg. 170 MM)
Como as magias NÃO são armas, a menos que declaradas, estas duas imunidades não mágicas não protegeriam contra o dano extra causado pela magia.
Obviamente, se a pedra é usada como uma bala, o dano normal desse ataque provavelmente não deve ser considerado mágico.