Eu acho que você está dizendo que você tem duas zonas em uma caldeira, cada uma alimentada por sua própria bomba e termostato (ou seja, os radiadores foram convertidos em água quente). Minha resposta é baseada nesta suposição.
Como ambos estão na mesma caldeira, a água é aquecida com a mesma eficiência de combustível.
Os dois loops provavelmente são diferentes em quão eficientemente eles transferem o calor para o ambiente. A baixa eficiência na transferência de calor para a sala diminuirá a capacidade de aquecimento da sua caldeira, o que é um problema se você não conseguir aquecer a casa em uma noite fria. Mas, desde que você esteja acompanhando a demanda de calor, a eficiência na transferência de calor não faz diferença no uso de combustível. (Você pode dizer quão eficientes elas são em transferir calor para a sala, sentindo a temperatura no final do ciclo - se estiver muito frio, o calor foi transferido para a sala muito bem)
Então, a resposta é que você deve ajustar os termostatos para a temperatura mais baixa onde você estiver confortável. Sua adição a partir de 2000 provavelmente tem muito mais isolamento do que a casa original de 1939 (em 2000 o código de construção exigia muito isolamento, 1939 nem tanto), então se você quiser escolher o mais eficiente para aquecer, aqueça a adição não a casa principal. Será mais eficiente porque você perderá menos calor devido ao maior isolamento.