A página Requisitos de inscrição por país tem isto a dizer
The following travellers need an Electronic Travel Authorization (eTA) to board their flight to Canada. However, these travellers do not need an eTA if entering by land or sea.
Não faz distinção entre voos regulares ou fretados.
Se você acessar a ferramenta para vistos e inserir seu país, verá o seguinte:
Fly to or transit through a Canadian airport:
You need to apply online for an Electronic Travel Authorization (eTA).
dependendo da sua nacionalidade e novamente nada mais. O mesmo na página eTA
visa-exempt foreign nationals who fly to, or transit through a Canadian airport, need an Electronic Travel Authorization (eTA)
Isso é bem claro na minha opinião.
Finalmente, o senso comum se aplica: você pode imaginar a indignação se as pessoas ricas o suficiente para alugar um avião fossem isentas? Osama bin Laden foi estimado em um patrimônio líquido de US $ 50 milhões. Além disso, o que acontece com os operadores turísticos que fretam um avião para um grupo de pessoas ...? As brechas seriam infinitas.