Para sua pergunta secundária, você pode ver que Cass não percebeu que é uma TARDIS até que o médico mencionou que é maior por dentro - um sinal revelador de que você está lidando com a tecnologia Time Lord. Foi isso que a alertou.
Quanto à sua pergunta principal, a reação de Cass deixa bem claro que, naquele ponto da guerra, os dois lados haviam cometido tais atrocidades que qualquer distinção moral era bastante embaçada, especialmente do lado de fora. No final da Guerra do Tempo, Rassilon, líder dos Time Lords, estava disposto a destruir o próprio tempo e todo o universo. para garantir a sobrevivência dos Time Lords.
A série antiga, onde os Time Lords ainda eram encontrados ocasionalmente, deixou claro que eles não são particularmente pessoas legais , no geral. Muitos deles são implacáveis, amorais ou francamente viciosos, e seu ditado proibindo a interferência com outras espécies e sua linha do tempo estava lá principalmente para proteger essas espécies da intromissão do Senhor do Tempo, não necessariamente de algum imperativo da Diretiva Primordial deixar o tempo seguir seu curso natural.