Sim , no entanto, se as duas criaturas tiverem escolhido a mesma gema, elas só ganharão seu benefício uma vez.
A partir da fusão descrição (grifo meu):
Likewise, all feats, racial abilities, and class features are pooled (if both creatures have the same ability, the fused being gains it only once).
A partir da descrição da classe Crystal Master (ênfase adicionada):
Embedded Gems
The following gems provide different abilities or enhancements to the crystal master. Each type of gem can be embedded only once.
Como as habilidades das gemas incorporadas são características de classe, elas são agrupadas entre as criaturas fundidas. Como gemas diferentes fornecem habilidades diferentes, elas não acionam a exceção "mesma habilidade".