I understand that Mexican nationals enjoy 90 days in 6 months tourist stay in Schengen but this period doesn't automatically start after your long-term residence permit or visa expires
Você está incorreto, não é necessário entrar novamente na área de Schengen após a expiração do visto nacional. De acordo com o Código das Fronteiras Schengen :
Periods of stay authorised under a residence permit or a long-stay visa shall not be taken into account in the calculation of the duration of stay on the territory of the Member States.
Assim, o status de sua namorada como cidadão de um país do Anexo II seria acionado imediatamente após o término de sua autorização de residência. Ela é, portanto, livre para permanecer no espaço Schengen por 90 dias após 1º de setembro.
My question is: Would there be an issue when she'll go through border/passport control in Berlin (on 30th Nov. 2016)?
Não , não haverá problemas no cruzamento da fronteira. Apenas certifique-se de que sua namorada apresente sua permissão de residência para verificar seu antigo status como residente de longa duração.