My question is: would it be possible to fly out off Czech Repubic for a day or two and then back to Czech Republic to stay longer than 16 days stated in the visa?
Não.
A "Duração da estadia" dita quanto tempo você pode permanecer no Espaço Schengen entre as datas de validade "De" e "Até" no visto ou em conformidade com a regra de 90/180 dias (dependendo do que se aplica em casos individuais ) - não redefine em um salto de borda, não é por viagem, é total.