Não

Substituir significa tirar algo e colocar outra coisa em seu lugar. Se no nível 5 você ganhasse + 3d6 ataque furtivo, você não substitui ... você acabou de adicionar. Por que alguém pegaria os níveis padrão 1 e 3?

Eu não posso citar nenhum raw, já que os níveis de substituição das revistas não são RAW, mas o senso comum diz que ele ganharia + 1d6 se pegasse um nível garantindo melhor ataque furtivo após seus níveis de substituição.

PHB pg50

Sneak Attack: If a rogue can catch an opponent when he is unable to defend himself effectively from her attack, she can strike a vital spot for extra damage. Basically, the rogue’s attack deals extra damage any time her target would be denied a Dexterity bonus to AC (whether the target actually has a Dexterity bonus or not), or when the rogue flanks her target. This extra damage is 1d6 at 1st level, and it increases by 1d6 every two rogue levels thereafter. Should the rogue score a critical hit with a sneak attack, this extra damage is not multiplied.

Aumenta, não se torna 3d6 no 5º nível.