Agentes de viagens normalmente usam algo chamado de “sistema global de distribuição” (há três ou quatro grandes GDS e vários pequenos mas acho que alguns sites on-line também dependem deles, então essa não é a explicação completa para o preço mais baixo.
Também é possível que o seu agente de viagens seja afiliado a um operador turístico (TUI, Thomas Cook, etc.) e receba tarifas especiais através deste canal. Os operadores turísticos normalmente compram estadias em hotéis, assentos em um voo regular, fretam um avião, etc. e remontam tudo em um passeio com tudo incluído, mas também podem vender serviços individuais. Como compram a granel vários meses antes, podem negociar melhores taxas. Para o hotel, isso significa menos risco e menos sobrecarga em comparação à venda dos quartos um a um, o que é uma boa razão para oferecer essas taxas mais baixas.
Não se esqueça de comparar o like com o like, especialmente no que diz respeito a cancelamentos, alterações de reservas, etc.