Eu suspeito que você precisa de um visto de trânsito. Em primeiro lugar, seu agente de viagens está incorreto dizendo que "nenhum passageiro sairá"; é possível reservar viagens no voo SQ1 de SFO para HKG apenas, com HKG como destino final. Você pode experimentá-lo no site da Singapore Airlines. Então isso não é uma verdadeira parada técnica.
Provavelmente haverá pessoas saindo da HKG. E a menos que a companhia aérea tenha alguns procedimentos muito especiais, provavelmente seria possível que você também saísse, quer você deva ou não fazê-lo. Como tal, faz sentido que você tenha que ter um visto de trânsito aeroportuário.
Para ter certeza, você deve ligar para a companhia aérea e perguntar.