A maior parte é explicada no filme:
Yusuf: We're too heavily sedated to wake up that way. [...] Can't even think about trying to escape [from Limbo] until the sedation eases.
Cobb (to Saito): When you wake up you won't even remember that we had an arrangement. Limbo is going to become your reality.
Então, vamos abordar os pontos relevantes, um de cada vez.
Por que Saito não se matou no Limbo:
Então, o sedativo de Yusuf coloca uma pessoa que morre no sonho no Limbo sem suas mentes conscientes . Isso explica por que Saito não se matou imediatamente . No entanto, mesmo quando o sedativo desaparece, já passou tempo suficiente (em um tempo de sonho acelerado) que uma pessoa não consegue distinguir o Limbo e a realidade depois de passar décadas lá e não saberá mais que eles têm para morrer lá.
Por que Saito perguntou "Você veio me matar":
Existem duas explicações possíveis.
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Isso não significa necessariamente que Saito saiba que ele tem que morrer para deixar o Limbo. No mundo do limbo, Saito administra um império (possivelmente do crime organizado) como o sonho do começo do filme. Quando um estranho lava-se em terra com uma arma, Saito pode simplesmente suspeitar que é um assassino.
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Saito está confuso sobre o que é real e o que não é, assim como Mal foi. Ele suspeita vagamente que alguém vai tentar matá-lo para tirá-lo, mas ele não tem certeza se é a escolha certa até que ele veja Cobb e eles se lembrem da conversa anterior juntos. É até possível que, ao dizer isso, Saito realmente lembrou Cobb o que ele está lá para fazer.
Como isso se relaciona com o que aconteceu com Cobb e Mal no Limbo:
Cobb e Mal entraram de bom grado no Limbo juntos, e Mal acabou relutando em deixá-lo. Cobb teve que convencê-la do contrário. Ele conseguiu e eles se suicidaram juntos no Limbo, mas brincar com o subconsciente dela também teve resultados devastadores mais tarde na vida real.
Uma coisa semelhante aconteceu com Saito. Tendo chegado ao Limbo sem memória, ele ficou lá por décadas. Cobb, tendo entrado no Limbo voluntariamente, acabou por encontrá-lo, mas notavelmente já estava em um estado confuso . Saito e Cobb tiveram que lembrar uns aos outros que eles estavam no Limbo, que foi provavelmente o que ajudou Cobb e Mal a escapar em primeiro lugar: Você precisa de outra pessoa para te lembrar quem e onde você realmente são .