Nos casos que você citou, a mudança na dificuldade parece ser o resultado de investigações mais focadas.
"If the characters are searching for traps, the character in the lead spots the trap automatically if his or her passive Wisdom (Perception) score is 12 or higher. Otherwise, the character must succeed on a DC 12 Wisdom (Perception) check to notice the trap." (Phandelver, pg.7, my emphasis)
"The character in the lead spots the hidden pit automatically if his or her passive Wisdom (Perception) score is 15 or higher. Otherwise the character must succeed on a DC 15 Wisdom (Perception) to spot the hidden pit." (Phandelver, pg.7, my emphasis)
O que parece ocorrer é que os DCs de Percepção passivos e ativos são baseados em circunstâncias similares. Ambos estão procurando por armadilhas ou nenhum deles está. Em contraste:
Rebrand Hideout: "Spotting a secret door from a distance of no more than 10 feet without actively searching for it requires a passive Wisdom (Perception) score of 15 or higher, whereas a character who takes the time to search the wall can find the secret door with a successful DC 10 Wisdom (Perception) check." (Phandelver, pg.20, my emphasis)
Cragmaw Castle: "Spotting the tripwire requires a passive Wisdom (Perception) score of at least 20, or a successful DC 10 Wisdom (Perception) check if the characters are actively searching for traps in the area." (Phandelver, pg.36, my emphasis)
O que vemos aqui são suposições diferentes. No caso da porta, temos a diferença de ser passiva capturando-a sem prestar atenção especial à parede, em vez de escanear ativamente a parede. A Percepção passiva tem um CD mais alto porque o usuário tem outras distrações para focar, outras paredes para verificar. O rolo ativo está prestando atenção especial a essa parede, então a falta de distrações facilita a verificação.
No caso do tripwire, vemos novamente uma diferença nas expectativas por trás do cheque. No caso da verificação passiva, os personagens estão simplesmente alertas e não estão prestando atenção especial a nenhuma armadilha. O rolo ativo, em vez disso, está à procura de outros estímulos para se concentrar em potenciais armadilhas. Esse foco facilita sua verificação.
Para responder às suas perguntas finais, parece não haver muita documentação sobre como decidir esses CDs. Torna-se uma grande questão de adivinhação.