Não, eles não empilham
De acordo com as regras de Combate com Duas Armas (EotE pg. 210; AoR pg. 224):
First, he designates one weapon as the primary weapon. When making the combined check, he will be attacking with this weapon.
E a qualidade precisa (EotE pg. 155; AoR pg. 168):
For each level of this trait, the attacker adds [boost die] to his attack dice pools while using this weapon.
Como você só está atacando com uma arma (a outra é ativada via 2 Advantage), você só obtém o benefício das qualidades de uma arma.